Kementerian Pertanian melalui Peraturan Menteri Pertanian Nomor 49 tahun 2007 tanggal 8 Juni 2007 membentuk Unit Kerja Pengelola Alih Teknologi di dalam struktur Badan Penelitian dan Pengembangan Pertanian yang diberi nama Balai Pengelola Alih Teknologi Pertanian yang disingkat BPATP. Untuk merespon dinamika dan menyesuaikan dengan perkembangan yang ada, maka telah diterbitkan Peraturan Menteri Pertanian Nomor 29/Permentan/OT.140/3/2013 Tentang Organisasi dan Tata Kerja Balai Pengelola Alih Teknologi Pertanian.